Stargate Sg-1 commence exactement un an après le film. Le programme est plus ou moins à l'abandon et le colonel O’Neill est à la retraite. Mais un commando extraterrestre avec des uniformes similaire à ceux des soldats de Râ traverse la porte et envahissent la base du Stargate Command (SGC) sur Terre. Le commandement demande à O’Neill d'aller sur Abydos pour voir d'où venaient les extraterrestres. Mais quand O’Neill retrouve Daniel, il se rend compte que les aliens ne sont pas venu d'Abydos... Daniel explique alors qu’il existe un réseau de plus d'une centaine de portes menant à autant de mondes différents, et que sur Abydos il a trouvé tout une série de coordonnées qui ne semblent plus fonctionner. Avec l'aide de quelques ordinateurs ils recalculent la position actuelle des planètes par rapport à des coordonnés vieilles de plusieurs millénaires. L'armée décide alors qu'ils doivent explorer les mondes accessible par la porte des étoiles pour évaluer les menaces extraterrestres. Ainsi le programme Stargate renaît et O’Neill est en charge du Sg-1, la première équipe. Pendant ce temps sur Abydos des extraterrestres passent la porte et font un raid, kidnappant de nombreuses personnes dont Sha're la femme de Daniel, et Skaara son frère. Daniel trouve alors un intérêt personnel à participer à l'opération, rejoint Sg-1 en tant qu'archéologue et spécialiste de civilisations anciennes. La première mission de Sg-1 est d'aller sauver les personnes kidnappées, mais l'équipe se fait rapidement capturer à son tour. Ils ne devront leur salut qu'a Teal'c, un garde Jaffa qui décide de tout quitter pour les suivre dans l'espoir de libérer son peuple des " faux dieux ". Par la suite, Teal'c rejoindra Sg-1, ainsi que le capitaine Samantha Carter, une physicienne du contingent.
